東京医科大学と吉祥女子中学・高校は、高大連携協定を締結した。生徒の視野を広げて進路に対する意識を高めて学習意欲の活性化を図ることを目的としている。

具体的な協定内容は「大学の授業科目への特別受講生の受け入れ」「大学の各種公開講座への受講生の受け入れ」「大学教員による中学・高校への出張講義」「教育及び研究についての情報交換及び交流」となっている。