総合研究大学院大学と岐阜大学の研究チームは、ニホンオオカミが系統樹の中では独自のグループだが、犬に最も近縁であることを突き止めた。また、犬とニホンオオカミに共通の祖先がいたことを発見している。

犬は最も古くに家畜化された生物であり、ハイイロオオカミを起源としている。これまで犬に近縁なオオカミが報告されていなかったため、絶滅したオオカミのグループを起源とするのではないかと推定されており犬の起源は謎とされている。

研究ではニホンオオカミと日本犬（柴犬、紀州犬、秋田犬）のゲノム情報に加え、データベースから北米や北極圏のオオカミ、ユーラシア大陸のオオカミ、更新世に生息していた古代オオカミ、古代犬、現生の犬など１００個体分を合わせて解析した。

その結果、ニホンオオカミは他のオオカミとは異なる独自の集団であり、更新世のオオカミも含めた他のオオカミとの交雑の歴史はなかった。

次にゲノム情報を用いて系統を解析したところ、ニホンオオカミは他のオオカミから遺伝的に離れているおり、犬のグループに最も近縁なオオカミであった。これは、犬がニホンオオカミと共通の祖先から分岐したことを明らかにしている。

研究グループは「ニホンオオカミの進化と変遷、日本列島の犬の起源と変遷、日本犬の成立なども明らかにする予定」と今後の目標を示している。