東京理科大学と吉祥女子中学・高等学校は高大連携協定を締結した。進路に関する学習意欲向上や教育内容への理解を深め、教育の活性化を図ることを目的とする。主な連携内容は「教育についての情報交換」や「理科大の教員による出張講義」「理科大の各種講座への生徒の受け入れ」などだという。

東京理科大の石川正俊学長は「高大連携事業を通じて、生徒やその保護者の方に本学の学生が研究に取り組む姿勢や、女性の理系分野での活躍の様子を知ってもらい、大学で学ぶ目的意識や意欲を高めるように努めたい」とコメントしている。